Em animais vivos o suabe laríngeo é o tipo de amostra recomendado, já que apresenta maior sensibilidade para detectar infecções causadas pelo M. hyopneumoniae quando comparado a amostras obtidas através de suabes nasais e de tonsila, lavado traqueobrônquico e fluído oral. No entanto, para o diagnóstico post mortem de M. hyopneumoniae, os suabes bronquiais apresentam maior sensibilidade do que os demais tipos de amostra.

Somente E. coli enterotoxigênicas (ETEC) são capazes de se multiplicar no intestino do suíno, se aderir à mucosa e produzir toxinas, causando diarreia. Para tal, é necessária a adesão da bactéria nos enterócitos através de fímbrias (F4, F5, F6, F41 ou F18) e posterior produção de enterotoxinas termolábeis ou termoestáveis. Para diferenciar amostras de E. coli presentes na microbiota intestinal das ETEC, é necessário o diagnóstico através de PCR Multiplex, através da amplificação de genes que codificam para essas fímbrias e toxinas.